清國後期，隨著後山開墾、清賦與撫墾政策推進，官方勢力逐漸進入花東縱谷，也重新劃定土地、水源、勞役與治理秩序，直接衝擊當時原住民族社群與地方居民的生活。 1888年的大庄事件，便是在這樣的背景下爆發，後續清軍進入縱谷各地駐防，新開園一帶也成為重要的軍事據點之一。

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相傳清國駐軍多為渡海來臺的軍士，有人死於戰場，也有人因水土不服、疾病流行而病故他鄉，只能就地埋葬。後來隨著地方開墾、整地，陸續挖掘出無主骨骸，這些無名亡者，便被集中安置，成為萬善祠供奉的對象。

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在老一輩的記憶裡，萬善祠是一座「陰廟」，小孩子不太敢靠近。祠內設有可開啟的門，門後安放著無主骨骸；因環境潮濕，過去也曾由專人撿骨、整理與曝曬。地方流傳，骨骸中有一顆特別巨大的頭顱，被認為就是清軍中的師爺陳協臺。

 

早年的萬善祠原為土牆木柱構造，廟體矮小，後因年久失修而逐漸腐敗。據時任萬安村村長、也是重建發起人的葉錦章描述，當時上樑木柱需以繩索綑住，以免崩塌，祠內遺骸也因年代久遠而化為灰狀、堆積如丘。民國 67 年（西元1978年），葉錦章村長發起重建，由地方善心人士集資興建鋼筋水泥廟宇，並命名為「萬善祠」，使這些無名亡者得以長久受祀。

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如今，每年農曆七月二十九日，錦園、萬安、富興三村居民會準備祭品前來祭拜，延續地方對無主亡者的敬意。祠內靈位前，列有清軍正營長陳協臺與副營長羅師爺之名；石柱聯寫著「萬靈共賦逍遙地」、「萬魄同皈結淨緣」，也呼應著萬善祠安頓萬靈、撫慰萬魄的意涵。

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萬善祠早年有固定管理者，被大家暱稱為「姑不將（koo-put-tsiong）」，每日負責點香、整理香油錢，也會在農曆七月前後挨家挨戶勸募香油。後來歷經魏蘭瑞、劉家榛、魏榮增等人接續管理，這份責任也逐漸由更多萬安村民共同承接。如今的萬善祠，保存著萬安與清國後期開墾、軍事駐防、族群互動與地方動盪交疊的歷史記憶；那些曾經無法返鄉、無名無姓的亡者，也在地方長久祭祀中被安放下來。